Dựa trên phân loại của Groves vào năm 2001 và năm 2005, thì khỉ mũ mình dày được phân loại như sau:[2][9]

• Sapajus apella- khỉ mũ nâu, trước đây là Cebus apella và còn được gọi là Khỉ thầy tu chần, khỉ thầy tu chỏm nâu, chỏm đen
  • Sapajus apella apella: Khỉ thầy tu chỏm nâu
  • Sapajus apella fatuellus
  • Sapajus apella margaritae: Khỉ thầy tu đảo Margarita
  • Sapajus apella macrocephalus: Khỉ thầy tu đầu lớn
  • Sapajus apella peruanus
  • Sapajus apella tocantinus
• Sapajus flavius-Khỉ mũ lông vàng
• Sapajus libidinosus-Khỉ mũ sọc đen-trước đây là Cebus libidinosus
  • Sapajus libidinosus libidinosus
  • Sapajus libidinosus pallidus
  • Cebus libidinosus paraguayanus
  • Sapajus libidinosus juruanus
• Sapajus cay-Khỉ mũ Azara
• Sapajus nigritus- Khỉ mũ đen hay khỉ mũ sừng đen hay khỉ thầy tu đen
  • Sapajus nigritus nigritus
  • Sapajus nigritus cucullatus
• Sapajus robustus-Khỉ mũ đầu mào (loài nguyên chủng đại diện cho chi này) hay khỉ thầy tu đầu mào-trước đây là Sapajus nigritus robustus
• Sapajus xanthosternos-Khỉ mũ bụng vàng hay khỉ thầy tu bụng vàng